• 課程安排

    推薦所有生物、醫學研究者和學生參加;適合零基礎學員參加;通過五天的學習可掌握 Linux 和 R語言;

    自行完成轉錄組基本分析,以及表達數據的深度挖掘與繪圖

    課前預習

    提前預習基因課視頻(www.genek.tv)、安裝軟件

    1. 視頻課程:《生物信息入門之 Linux》

    2. 視頻課程:《生物信息軟件安裝》

    3. 視頻課程:《測序數據過濾和質控》

    4. 個人電腦安裝:IGV、R、Rstudio

    第一天

    Linux 基礎

    1. 測序原理:illumina、PacBio、Nanopore

    2. 計算機基礎:CPU、內存、硬盤、核、進程、線程、并行計算等

    3. Linux 常用命令

    4. 生物信息軟件安裝

    第二天

    基本分析

    1. 高級生物信息命令:grep、sort、awk、sed 等

    2. 后臺運行、批處理等技巧

    3. 任務練習:測序數據過濾和質控

    4. 任務練習:比對到參考基因組(Hisat2 的使用)

    5. 任務練習:表達定量(featureCounts 的使用)

    6. 可視化:IGV 的使用

    第三天

    原理和標準分析

    1. 方案設計:測序量與生物學重復

    2. 方案設計:混池測序

    3. 基本原理:FPKM、TPM、TMM

    4. 解讀公司結題報告

    5. 表達數據挖掘思路:如何鎖定關鍵樣本、鎖定關鍵基因

    6. 差異表達分析:DESeq2、edgeR,一鍵式差異分析程序

    7. 自主開發的全自動轉錄組分析流程實操(贈送全部代碼)

    第四天

    R 語言基礎

    1. R 和 Rstudio 安裝

    2. 變量(向量、矩陣、數據框、因子等)

    3. 控制流(條件控制、循環控制)

    4. 輸入輸出(讀取文件、輸出文件)

    第五天

    使用 R 語言挖掘表達數據

    1. 相關性分析

    2. 主成分分析:降低數據維度,簡化分析

    3. 聚類分析:鎖定關鍵基因和關鍵樣本
    4. 功能注釋:功能注釋和GO、Pathway、KOG/COG 分類

    5. 富集分析:自主開發的適合所有物種的富集分析方法(emcp)

    6. WGCNA:加權共表達網絡分析

  • 往期精彩

    學習知識 結交朋友

  • 講師介紹

    一線工程師、CNS一作授課

    基因課介紹

    成立于 2017年7月,專注于生物信息學培訓。

    基因課網校:已完成 14 門視頻課程的開發,累計學員 3000 余人。

    線下培訓班:武漢、成都、西安、杭州、廣州、北京等地舉辦快速入門班 11 期、周末成長班 2 期,累計培訓學員 500 余人。

    主講老師 張旭東

    曾任華大基因項目組組長、產品研發組組長。
    2014年合伙創辦貝納基因,擔任CTO。
    2017年創辦基因課,專注生物信息學培訓。

    發表文章:麻瘋樹基因組計劃(the plant journal)、鷹嘴豆基因組計劃(Nature Biotechnology)、 芝麻基因組計劃(Genome Biology)、獼猴桃群體研究(New Phytologist)。

  • 報名費用

    單期

    4500/人

    • 前10人優惠 500元
    • 老學員優惠 500元
    • 老學員推薦優惠100元
    • 3人組團,每人優惠300元;5人組團,每人優惠500元;
    • 以上優惠不可疊加。

    超級會員

    10900/人(原價14800/人)

    • 可參加1年內所有培訓班
    • 承諾1年內舉辦培訓班不少于 10 期
    • 郵遞1年內內所有培訓班教材
    • 有效期從參加第一期培訓班開始計算
  • 報名

    提前報名,享受優惠,報名后會發送資料至郵箱

    或掃碼微信咨詢

  • 常見問題

    1. 我是零基礎,能學會嗎?

    前兩天為基礎課程,后三天會專題課程。基礎課程會從測序原理、Linux 等開始講,所以零基礎完全可以掌握。

    2. 電腦配置有什么要求?

    沒有特別高的要求,平時使用還比較流暢就行。我們會為大家提供高性能服務器,大多數據分析都是在服務器完成,個人電腦通過遠程訪問方式登錄服務器。

    3. 住宿怎么安排?

    建議住在推薦的酒店,我們可以以協議價為大家預訂酒店,請填寫表單:http://genek-tv.mikecrm.com/JFLTlGW
    也可以自己預定附近酒店。

    4. 如何付費?

    支持以下付款方式。

    如需現場繳費,請先以方式二支付 200元定金,以便提前開通預習資料。定金報道會退還。

    轉賬備注“單位-姓名”。

    --------------------------------------

    方式一:銀行對公轉賬
    戶名:武漢簡并科技有限公司
    開戶銀行:漢口銀行股份有限公司光谷分行
    賬 號:005041000451905
    --------------------------------------
    方式二:支付寶對公轉賬
    用戶名:武漢簡并科技有限公司
    公司支付寶:service@genek.tv
    --------------------------------------
    方式三:現場繳費
    支持現金、支付寶、微信、銀行卡、公務卡等

    5. 關于合同、發票、培訓通知

    • 通知:培訓通知? ? ? ?會議通知
    • 發票:可開培訓費、會議費、技術服務費、測序分析費等
    • 合同:可提供合同、發票清單等
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